Penjaminan mutu internal adalah penjaminan mutu yang dilakukan oleh institusi perguruan tinggi yang bersangkutan dengan berpedoman dan berlandaskan pada peraturan perundang-undangan yang ditetapkan oleh pemerintah, sedangkan penjaminan mutu eksternal adalah penjaminan mutu yang dilaksanakan oleh badan atau lembaga eksternal yang dibentuk dan atau disetujui oleh pemerintah sebagai penyelenggara evaluasi penjaminan mutu bagi perguruan tinggi
Sistem penjaminan mutu UMMAT dilakukan secara bertahap, sistematis, terencana, dan terarah, dimotori oleh Lembaga Penjaminan Mutu Internal (LPMI). LPMI UMMAT menyusun program penjaminan mutu baik akademik maupun non akademik yang memiliki arah target dan kerangka waktu yang jelas. Muara dari penjaminan mutu tersebut adalah terwujudnya budaya mutu dalam pelaksanaan kegiatan rutin keseharian segenap sivitas akademika, sehingga dapat meningkatkan kemampuan institusi untuk menciptakan stabilitas, kapabilitas, akuntabilitas, serta melakukan pengawasan untuk mempertahankan dan meningkatkan kualitas penyelenggaraan pendidikan UMMAT.